La banda se formó en 1996 en Escatawpa, Misisipi, con Brad Arnold (voz y batería), Matt Roberts (guitarra líder) y Todd Harrell (bajo). El nombre surgió cuando vieron un cartel con letras caídas que decía "Doors Down", y siendo tres integrantes, lo convirtieron en "3 Doors Down".

Arnold escribió "Kryptonite" en clase de matemáticas cuando tenía 15 años. En 1997 grabaron un demo en Biloxi, Misisipi, y lo entregaron a una radio local. "Kryptonite" se convirtió en la canción más pedida por más de 15 semanas. Esto llamó la atención de la industria musical y los llevó a firmar un contrato tras una presentación en el club CBGB en Nueva York.
Su primer álbum, The Better Life (2000), fue un éxito rotundo con más de 7 millones de copias vendidas en EE.UU. gracias a hits como "Kryptonite", "Loser" y "Duck and Run".
Para los shows en vivo, contrataron al baterista Richard Liles. En 2002 lanzaron Away from the Sun, que incluyó sencillos como "When I'm Gone", "Here Without You" y "The Road I'm On". Fue multi-platino, vendiendo más de 4 millones de copias.
Contaron con el baterista Daniel Adair para la gira y luego lanzaron un EP en vivo Another 700 Miles (2003), incluyendo una versión del tema de Lynyrd Skynyrd "That Smell".
En paralelo, crearon la fundación benéfica The Better Life Foundation, organizando conciertos anuales, como el de 2006 para ayudar a víctimas del Huracán Katrina. En 2005 lanzaron Seventeen Days, que debutó en el puesto #1 de Billboard. Incluyó colaboraciones con Bob Seger. Ese mismo año sacaron un DVD en vivo, Away from the Sun: Live from Houston, Texas.

Greg Upchurch reemplazó a Adair en batería cuando este se unió a Nickelback. El álbum homónimo 3 Doors Down (2008) también debutó #1 en Billboard y fue certificado platino.
En 2009 lanzaron el tema navideño "Where My Christmas Lives" y una compilación acústica con canciones de su álbum anterior.
En 2011 lanzaron Time of My Life. El primer sencillo, "When You're Young", alcanzó el puesto #81 del Billboard Hot 100.
En 2012, Matt Roberts dejó la banda por problemas de salud y fue reemplazado por Chet Roberts. Lanzaron un álbum de Greatest Hits en 2012, incluyendo tres nuevas canciones.
En 2013, durante una gira europea, Todd Harrell fue arrestado por homicidio vehicular bajo influencia de medicamentos. Luego se descubrió que también llevaba sustancias ilegales. Fue condenado a dos años de prisión y seis de libertad condicional.

La banda canceló algunos conciertos en EE.UU. y Justin Biltonen lo reemplazó oficialmente en el bajo.

A fines de 2013 y 2014 realizaron una gira acústica llamada Songs from the Basement. En febrero de 2014, Todd Harrell fue arrestado nuevamente por conducir ebrio y fue expulsado definitivamente de la banda.
En 2016 lanzaron el álbum Us and the Night y lo presentaron en giras por EE.UU. y Europa.
Ese mismo año, Matt Roberts murió a los 38 años por una sobredosis de medicamentos recetados.
En 2017 tocaron en el concierto inaugural del presidente Donald Trump, lo cual causó críticas entre sus fans. La banda explicó que ya habían tocado en las inauguraciones de George W. Bush y lo consideraban un evento patriótico, no político.
En 2018 realizaron la gira Rock n' Roll Express junto a Collective Soul y Soul Asylum.
En 2018 y 2019 dijeron estar componiendo nuevo material, aunque no han sacado ningún álbum de estudio desde Us and the Night (2016).
En 2023 celebraron los 20 años del álbum Away from the Sun con una edición remasterizada y una gira aniversario.
El 11 de agosto de 2023 lanzaron esta edición deluxe con canciones inéditas, demos y lados B, además de un nuevo video para "Pop Song".
El 7 de mayo de 2025, Brad Arnold anunció que le habían diagnosticado cáncer renal de células claras en estadio 4.