Los Pixies, una de las bandas más influyentes del rock alternativo, tuvieron sus orígenes en la Universidad de Massachusetts Amherst, donde Joey Santiago y Charles Thompson IV -conocido posteriormente como Black Francis- se conocieron al vivir en suites contiguas. Aunque Santiago inicialmente temía que la convivencia interfiriera con sus estudios, pronto descubrió que Francis tenía interés en la música, lo que los llevó a comenzar a tocar juntos. Tras un breve intercambio estudiantil de Francis en Puerto Rico, ambos abandonaron la universidad en 1984 y trabajaron en un almacén mientras Francis componía canciones y escribía letras en el metro.
En enero de 1986, decidieron formar una banda. Poco después, Kim Deal respondió a un anuncio clasificado publicado por Francis en el que buscaba una bajista con gustos musicales eclécticos, que incluyeran tanto a Peter, Paul and Mary como a Hüsker Dü. Aunque Deal no tenía experiencia previa con el bajo y llegó a la audición sin instrumento, fue aceptada por su entusiasmo y afinidad con las canciones de Francis. El trío comenzó a ensayar en el apartamento de Deal. Posteriormente, intentaron reclutar a la hermana de Kim, Kelley Deal, como baterista, pero al no lograrlo, optaron por David Lovering, recomendado por el esposo de Kim, a quien ella había conocido en su boda.

El nombre de la banda surgió de forma casual: Santiago eligió la palabra "pixies" al azar de un diccionario, atraído por su sonido y su significado - "pequeños duendes traviesos" -. Con una formación completa y un nombre definido, trasladaron sus ensayos al garaje de los padres de Lovering y comenzaron a presentarse en bares del área de Boston.
Su gran oportunidad llegó cuando fueron vistos por el productor Gary Smith durante un concierto junto a Throwing Muses. Impresionado, Smith les ofreció grabar un demo en Fort Apache Studios, financiado por el padre de Francis con mil dólares. La grabación, completada en tres días, resultó en una cinta de 17 canciones que los fanáticos conocerían como "The Purple Tape". Ken Goes, un promotor local, se convirtió en su mánager y envió la cinta a Ivo Watts-Russell, fundador del sello independiente británico 4AD. Aunque Watts-Russell inicialmente dudó por considerarlos demasiado convencionales, finalmente los fichó gracias a la insistencia de su pareja.
De "The Purple Tape" se seleccionaron ocho canciones para su primer lanzamiento oficial, el mini-LP Come On Pilgrim (1987). Este trabajo reflejaba las experiencias de Francis en Puerto Rico y abordaba temas como la pobreza, la religión -influenciada por la fe pentecostal de sus padres-, la frustración sexual y el incesto. La crítica lo recibió con interés, especialmente en Europa.
Poco después, la banda grabó su primer álbum completo, Surfer Rosa (1988), producido por Steve Albini. Con un sonido crudo y potente, el disco fue aclamado en el Reino Unido, obteniendo premios de "Álbum del Año" en publicaciones como Melody Maker y Sounds. En Estados Unidos, la recepción fue más moderada, aunque con el tiempo alcanzaría estatus de oro. La gira europea que siguió, junto a Throwing Muses, consolidó su popularidad, especialmente en los Países Bajos, donde ya eran considerados cabezas de cartel.

Al mismo tiempo, firmaron un acuerdo de distribución en Estados Unidos con Elektra Records y comenzaron a trabajar con el productor británico Gil Norton. Este cambio marcó un giro en su sonido: más pulido, accesible y con mayor presupuesto. El resultado fue Doolittle (1989), considerado por muchos su obra maestra. Incluía sencillos como "Here Comes Your Man" y "Monkey Gone to Heaven", este último un éxito en las radios de rock moderno. El álbum fue elogiado tanto por la crítica como por los fanáticos.

Sin embargo, las tensiones internas comenzaron a intensificarse, especialmente entre Francis y Deal. Durante la gira "Fuck or Fight", los conflictos se volvieron insostenibles. En un concierto en Stuttgart, Francis incluso le arrojó una guitarra a Deal, y en Fráncfort ella se negó a tocar. Tras la última fecha en Nueva York, la banda anunció una pausa. Durante este tiempo, cada miembro se dedicó a proyectos personales: Francis realizó una gira en solitario, Deal fundó The Breeders junto a Tanya Donelly y Josephine Wiggs, y lanzó el aclamado álbum Pod en 1990. Santiago y Lovering se tomaron unas vacaciones.
En 1990, los tres hombres de la banda se mudaron a Los Ángeles para grabar su tercer álbum, Bossanova. Escrito en gran parte en el estudio y con poco tiempo de ensayo, el disco mostraba un sonido más relajado y surf rock. Aunque tuvo un desempeño modesto en Estados Unidos, alcanzó el número tres en el Reino Unido. Ese mismo año, participaron en un álbum tributo a Paul Butterfield.

En 1991 lanzaron Trompe le Monde, su último álbum antes de la disolución. Incluía "U-Mass", una canción sobre la apatía universitaria cuyo riff había sido compuesto años antes en la universidad, y una versión de "Head On" de The Jesus and Mary Chain. La gira que siguió incluyó actuaciones en estadios europeos y clubes estadounidenses. En 1992, fueron teloneros de U2 en su Zoo TV Tour, una experiencia incómoda que exacerbó las tensiones internas. Al finalizar el año, decidieron tomarse un descanso indefinido.
En enero de 1993, sin previo aviso a sus compañeros, Francis anunció en una entrevista radial que la banda había terminado. Posteriormente informó a los demás por fax. Tras la separación, cada miembro continuó su carrera: Francis adoptó el nombre de Frank Black y lanzó varios álbumes en solitario, incluyendo trabajos con Frank Black and the Catholics. Deal alcanzó el éxito con The Breeders, especialmente con el sencillo "Cannonball" y el álbum Last Splash. Santiago colaboró con Frank Black y otros artistas, compuso música para televisión y formó The Martinis con su esposa. Lovering se convirtió en mago -conocido como "The Scientific Phenomenalist"- y también tocó con otras bandas, como Cracker.
Durante los años siguientes, 4AD y Elektra lanzaron compilaciones y material inédito, manteniendo viva la leyenda de los Pixies. Aunque Frank Black negaba constantemente una reunión, comenzó a incluir más canciones de la banda en sus conciertos y a colaborar esporádicamente con Santiago y Lovering.
En 2003, tras una serie de llamadas, los miembros originales ensayaron en secreto y decidieron reagruparse. En febrero de 2004 se anunció una gira mundial que agotó entradas en minutos, incluyendo cuatro noches en la Brixton Academy de Londres. Su regreso al escenario tuvo lugar en abril de ese año en Minneapolis, seguido de apariciones en festivales como Coachella. La gira fue un éxito comercial, recaudando más de 14 millones de dólares.

Ese mismo año lanzaron "Bam Thwok", su primera canción nueva en más de una década, disponible exclusivamente en iTunes y número uno en la lista de descargas del Reino Unido. También publicaron una recopilación titulada Wave of Mutilation: The Best of Pixies y participaron en un álbum tributo a Warren Zevon.

Entre 2005 y 2007, continuaron girando por festivales internacionales, incluyendo sus primeras presentaciones en Australia. Aunque se especulaba sobre un nuevo álbum, la resistencia de Deal impedía su realización.
En 2009, para celebrar el 20° aniversario de Doolittle, emprendieron una gira especial interpretando el álbum completo, junto con sus caras B. La gira se extendió hasta 2011, incluyendo fechas en América del Sur, Oceanía y Europa.
En junio de 2013, Kim Deal anunció su salida de la banda. Poco después, lanzaron "Bagboy", con un vocalista invitado, y reclutaron a Kim Shattuck como reemplazo temporal. Sin embargo, Shattuck fue despedida meses después, y en 2014 se incorporó Paz Lenchantin, quien se convirtió en miembro permanente en 2016.

Durante este periodo, lanzaron tres EPs digitales y en vinilo limitado - EP1, EP2 y EP3 - que fueron compilados en el álbum Indie Cindy (2014). En 2016 publicaron Head Carrier, seguido por Beneath the Eyrie en 2019, ambos producidos por Tom Dalgety. Para promocionar este último, crearon un podcast que documentaba su proceso creativo.
En marzo de 2022 lanzaron el sencillo "Human Crime", y en septiembre de ese año publicaron su octavo álbum, Doggerel, bajo el sello BMG.
En marzo de 2024, Lenchantin dejó la banda para enfocarse en sus propios proyectos y fue reemplazada por Emma Richardson, exintegrante de Band of Skulls. La nueva formación emprendió una gira centrada en Bossanova y Trompe le Monde, que Francis describió como "encantadora". En junio lanzaron "You're So Impatient", el primer sencillo con Richardson.
Finalmente, el 25 de octubre de 2024, los Pixies lanzaron su noveno álbum de estudio, The Night the Zombies Came, nuevamente producido por Dalgety. Francis explicó que el título no respondía a un concepto zombi, sino a la repetición de la palabra en las letras, que le pareció la opción menos cursi para nombrar el disco. El álbum fue precedido por los sencillos "You're So Impatient", "Chicken", "Oyster Beds" y "Motoroller".
Así, tras más de cuatro décadas de historia, rupturas, reencuentros y evolución, los Pixies continúan siendo una fuerza activa en la música, manteniendo su legado mientras exploran nuevos caminos creativos.