El nacimiento de Muddy Waters está envuelto en cierta incertidumbre tanto en cuanto al lugar como a la fecha exacta. Él mismo afirmaba haber nacido en Rolling Fork, Mississippi, en 1915, pero diversas fuentes apuntan a Jug’s Corner, en el condado vecino de Issaquena, en 1913. Documentos oficiales como su licencia de matrimonio, registros sindicales y notas de grabación de las décadas de 1930 y 1940 respaldan el año 1913. Sin embargo, a partir de una entrevista en 1955 con el Chicago Defender, Waters comenzó a sostener públicamente que había nacido en 1915, versión que mantuvo hasta su muerte. El censo de 1920 lo registra como un niño de cinco años en marzo de ese año, lo que sugiere que pudo haber nacido en 1914. Por otro lado, el Índice de Muerte de la Seguridad Social, basado en su solicitud tras mudarse a Chicago en los años cuarenta, indica el 4 de abril de 1913 como su fecha de nacimiento. Su lápida, sin embargo, muestra 1915.
Tras la muerte de su madre poco después de su nacimiento, fue criado por su abuela, Della Grant, quien le puso el apodo de “Muddy” debido a su afición por jugar en las aguas fangosas del arroyo Deer Creek. El apellido “Waters” se le añadió más tarde, durante su adolescencia, cuando comenzó a tocar la armónica y a actuar localmente. La cabaña donde vivió en su juventud, en la plantación Stovall, hoy es parte del Delta Blues Museum en Clarksdale, Mississippi.
Su primer contacto con la música fue en la iglesia bautista, donde cantaba y absorbía el estilo emotivo y vibrante que luego caracterizaría su blues. A los 17 años, vendió un caballo para comprar su primera guitarra, una Stella adquirida a través del catálogo de Sears-Roebuck. Comenzó a tocar en bares cercanos, especialmente en la plantación del Coronel William Howard Stovall, donde desarrolló sus primeras habilidades como músico.

En agosto de 1941, el etnomusicólogo Alan Lomax llegó a Stovall, Mississippi, para grabar músicos de blues rural en nombre de la Biblioteca del Congreso. Grabó a Muddy Waters en su propia casa, una experiencia transformadora para él. Al escuchar su voz grabada por primera vez, quedó asombrado y motivado: “Puedo hacerlo, puedo hacerlo”, repetía mientras reproducía el disco en una máquina pública. Lomax regresó en 1942 para una segunda sesión. Ambas grabaciones fueron posteriormente publicadas por Testament Records bajo el título Down on Stovall’s Plantation, y más tarde reeditadas por Chess Records como The Complete Plantation Recordings.
En 1943, Muddy Waters se mudó a Chicago con la esperanza de convertirse en músico profesional. Consideró este paso como el evento más importante de su vida. Trabajó de día en una fábrica y conduciendo camiones, y por la noche tocaba en clubes. Big Bill Broonzy, figura destacada del blues en Chicago, lo invitó a abrir sus conciertos, lo que le dio visibilidad ante audiencias más amplias. En 1944, compró su primera guitarra eléctrica, un cambio necesario para hacerse oír en los ruidosos clubes urbanos. Este giro hacia lo eléctrico no solo respondía a necesidades prácticas, sino que también reflejaba una nueva energía optimista en la comunidad afroamericana de posguerra. Willie Dixon señaló que, a diferencia de otros bluesmen que cantaban tristezas, Muddy infundía ánimo a su música.
En 1946, grabó para Columbia Records con un combo tradicional (clarinete, saxofón, piano), pero estas grabaciones fueron lanzadas bajo el nombre de James “Sweet Lucy” Carter, sin mencionar a Waters. Ese mismo año comenzó a grabar para Aristocrat Records, sello recién fundado por los hermanos Leonard y Phil Chess. En 1947 participó en sesiones con Sunnyland Slim, aunque sus primeros éxitos llegaron en 1948 con “I Can’t Be Satisfied” e “I Feel Like Going Home”. Poco después, Aristocrat pasó a llamarse Chess Records, y su tema “Rollin’ Stone” también se convirtió en un éxito, influyendo incluso en el nombre de la famosa banda británica The Rolling Stones.

Al principio, los hermanos Chess no permitían que Muddy Waters utilizara a su propia banda en el estudio, prefiriendo músicos contratados como el bajista Ernest “Big” Crawford, “Baby Face” Leroy Foster o Johnny Jones. Sin embargo, con el tiempo cedieron, y para 1953 ya grababa con lo que se considera una de las bandas más legendarias del blues: Little Walter Jacobs en la armónica, Jimmy Rogers en la guitarra, Elga Edmonds (también conocido como Elgin Evans) en la batería y Otis Spann en el piano. Con la colaboración frecuente del compositor y bajista Willie Dixon, esta formación produjo clásicos como “Hoochie Coochie Man”, “I Just Want to Make Love to You” e “I’m Ready”.
La banda funcionó como incubadora de talentos. Little Walter dejó el grupo en 1952 tras el éxito de su sencillo “Juke”, aunque continuó colaborando en grabaciones. Howlin’ Wolf se mudó a Chicago en 1954, financiado por sus propios éxitos, y comenzó una rivalidad con Waters, alimentada en parte por Willie Dixon, quien componía para ambos y generaba tensiones al asignar canciones. Jimmy Rogers se fue en 1955 para enfocarse en su propia banda.
A mediados de los años cincuenta, Muddy Waters tuvo varios éxitos en las listas de R&B de Billboard, como “Sugar Sweet” (1955), “Trouble No More”, “Forty Days and Forty Nights” y “Don’t Go No Farther” (1956). También en 1956 lanzó “Got My Mojo Working”, uno de sus temas más icónicos, aunque no entró en las listas. Para finales de la década, su popularidad en los charts decayó; solo “Close to You” logró entrar en 1958. Ese mismo año, Chess lanzó su primer álbum recopilatorio, The Best of Muddy Waters, que reunía doce de sus sencillos hasta 1956.

En 1958, Muddy Waters realizó su primera gira por Inglaterra junto a Otis Spann. Allí fueron acompañados por músicos de jazz tradicional, como los de la banda de Chris Barber. Las audiencias británicas, acostumbradas al folk blues acústico de artistas como Sonny Terry o Big Bill Broonzy, quedaron impactadas por el sonido eléctrico y potente de Waters. Aunque algunos puristas se distanciaron, jóvenes músicos como Alexis Korner y Cyril Davies se inspiraron para explorar el blues eléctrico, dando origen a bandas como The Rolling Stones, Cream y Fleetwood Mac.

En 1960, su actuación en el Festival de Jazz de Newport fue grabada en el álbum At Newport 1960, uno de los primeros discos de blues en vivo. Su interpretación de “Got My Mojo Working” fue nominada a un Grammy. En 1963, Chess intentó acercarlo al público folk con el álbum Folk Singer, donde abandonó temporalmente la guitarra eléctrica por un sonido acústico, con la participación de un joven Buddy Guy. Aunque no fue un éxito comercial, recibió elogios de la crítica y en 2003 fue incluido en el puesto 280 de la lista de los 500 mejores álbumes de todos los tiempos de Rolling Stone. Ese mismo año inició giras europeas anuales como parte del American Folk Blues Festival, donde alternaba entre versiones acústicas y eléctricas.
En 1967, Chess intentó modernizar su imagen reuniéndolo con Bo Diddley y Howlin’ Wolf en proyectos como Super Blues y The Super Super Blues Band, destinados a atraer al público rockero. Estos álbumes fueron criticados por su falta de cohesión y por las tensiones entre los artistas. En 1968, bajo la dirección de Marshall Chess, grabó Electric Mud, respaldado por Rotary Connection, una banda de soul psicodélico. El álbum fue controvertido: aunque alcanzó el puesto 127 en Billboard 200, fue repudiado por la crítica y por el propio Waters, quien lo calificó como “una mierda”. Seis meses después lanzó After the Rain, con un sonido similar.
Sin embargo, en 1969 recuperó su esencia con Fathers and Sons, un álbum que volvía a su sonido clásico de Chicago blues, con músicos admiradores como Michael Bloomfield y Paul Butterfield. Fue su álbum más exitoso comercialmente, alcanzando el puesto 70 en Billboard 200.

En 1971, un concierto en el exclusivo club Mister Kelly’s de Chicago fue grabado y lanzado, marcando su consolidación ante audiencias blancas y su regreso a la forma. Ese mismo año ganó su primer Grammy por They Call Me Muddy Waters, un álbum de grabaciones antiguas inéditas.
En 1972 viajó a Londres para grabar The London Muddy Waters Sessions, siguiendo la fórmula del álbum anterior de Howlin’ Wolf. Aunque contó con músicos británicos de renombre como Rory Gallagher y Steve Winwood, Waters expresó su descontento: sentía que el sonido rock diluía su esencia. Aun así, el álbum ganó otro Grammy.
En 1975 grabó The Muddy Waters Woodstock Album, con músicos como Bob Margolin, Pinetop Perkins, Paul Butterfield y miembros de The Band (Levon Helm y Garth Hudson). Ganó otro Grammy. En noviembre de 1976 participó en The Last Waltz, el concierto de despedida de The Band, y en la película documental del evento.
Entre 1977 y 1981, el guitarrista Johnny Winter —fan desde la infancia— produjo cuatro álbumes para Waters en Blue Sky Records: Hard Again (1977), I’m Ready (1978), Muddy “Mississippi” Waters – Live (1979) y King Bee (1981). Todos fueron éxitos de crítica y ventas, y salvo King Bee, ganaron un Grammy. Hard Again es considerado por muchos como su gran álbum de regreso.
En 1981, actuó en el ChicagoFest ante una nueva generación, acompañado por Johnny Winter y Buddy Miles. También ese año, se presentó en el Checkerboard Lounge junto a Mick Jagger, Keith Richards y Ronnie Wood de The Rolling Stones. Ambas actuaciones fueron posteriormente publicadas en DVD.
En 1982, su salud comenzó a deteriorarse rápidamente, limitando sus presentaciones. Su última actuación pública fue junto a Eric Clapton en un concierto en Florida durante el verano de ese año.

Muddy Waters falleció mientras dormía el 30 de abril de 1983 en su casa de Westmont, Illinois, víctima de un paro cardíaco derivado de complicaciones por cáncer. Tenía 70 años. Fue trasladado al Good Samaritan Hospital en Downers Grove, donde se confirmó su muerte. Su funeral se celebró el 4 de mayo en el cementerio Restvale de Alsip, Illinois, al que asistieron numerosos músicos y fans. Está enterrado junto a su esposa Geneva.

Tras su muerte, se desató una larga disputa legal entre sus herederos y Scott Cameron, su exmánager. En 2010, su hija Mercy Morganfield solicitó ser nombrada administradora de los derechos de autor de su música, logrando reabrir la herencia. En 2018, los abogados de los herederos intentaron que la esposa de Cameron fuera declarada en desacato por desviar ingresos, aunque finalmente decidieron no perseguir la citación. La próxima audiencia judicial estaba programada para julio de 2018.