A lo largo de décadas, Blue Öyster Cult ha acumulado una historia larga y legendaria. La banda comenzó a finales de los años 60 en Long Island, Nueva York, como Soft White Underbelly, aunque cada miembro ya había participado en grupos durante la escuela secundaria y la universidad, antes de coincidir en el momento y lugar adecuados para dar forma a lo que sería Blue Öyster Cult.

Los orígenes se remontan al norte de Nueva York. Donald Roeser, oriundo de Long Island, y Albert Bouchard, de Watertown, se conocieron en la Clarkson College. Introducidos por un amigo común, Bruce Abbott, formaron The Disciples, tocando en fiestas universitarias. Al año siguiente, se reorganizaron como Travesty, pero ambos abandonaron sus estudios para dedicarse por completo a la música. Tras la disolución del grupo, Donald regresó a Long Island, mientras que Albert probó suerte en Chicago, sin éxito. De regreso en Nueva York, se reencontró con Donald, quien ya estaba colaborando con músicos locales y había conocido a Sandy Pearlman.
Pearlman, interesado en el rock desde la invasión británica, fue pionero en la crítica musical y colaborador de la revista Crawdaddy!. Junto con Richard Meltzer y John Wiesenthal, también estudiante en Stony Brook, comenzó a involucrarse en la escena musical. Allen Lanier, contratado en una empresa de cine donde trabajaba Wiesenthal, empezó a tocar con el grupo informal que se reunía en una casa cerca del campus. En 1967, este núcleo —con Wiesenthal, Donald, Albert, Allen y Andrew Winters— comenzó a ensayar con más seriedad.
Pearlman reconoció el talento del grupo y propuso formar una banda con visión artística. Los músicos vieron en él una oportunidad para impulsar su carrera, y así nació una alianza clave.

Pearlman bautizó al grupo como Soft White Underbelly y les consiguió presentaciones en Nueva York, abriendo para artistas como Muddy Waters y los Grateful Dead.
Necesitaban un vocalista principal, que llegó con Les Braunstein, músico de Hobart College y amigo de Andy Yarrow (hermano de Peter Yarrow, de Peter, Paul & Mary). Braunstein, carismático y teatral, encajó bien en el grupo.
Gracias a Pearlman, firmaron con Elektra Records en 1968 tras una actuación que impresionó a Jac Holzman, presidente de la compañía. Con el anticipo, mejoraron su equipo. Fue entonces cuando conocieron a Eric Bloom, también de Long Island, que había tocado en bandas como Lost and Found y poseía un camión y un sistema de sonido. Bloom ayudó en un concierto con problemas de sonido y pronto se integró como técnico de sonido.
En 1969, comenzaron a grabar su primer álbum, pero Braunstein no encajaba con la dirección musical del grupo. Abandonó abruptamente, dejando el disco incompleto. En su búsqueda de un nuevo vocalista, Allen recordó una cinta con Bloom cantando y lo propuso como reemplazo. En abril de 1969, Bloom se unió oficialmente. Aunque Elektra dudó al perder a Braunstein (considerado el "Jim Morrison del este"), tras una audición con Bloom aceptaron continuar.

Con la influencia de Bloom, la banda adoptó un sonido más rockero, alejándose del psicodelismo. Además, el nombre Soft White Underbelly tenía mala prensa tras un mal concierto, por lo que adoptaron el nombre Stalk-Forrest Group.
Grabaron en Los Ángeles, pero Elektra canceló el contrato por desacuerdos. Andy Winters fue despedido por falta de compromiso, y fue reemplazado por Joe Bouchard, hermano de Albert, quien ayudó a reorganizar la banda y conseguir conciertos.
Un punto de inflexión llegó cuando David Lucas, impresionado en una fiesta, les ofreció usar su estudio de 8 pistas para demos. Un segundo demo impresionó a Murray Krugman (colega de Pearlman en Columbia), lo que llevó a una audición con Clive Davis, quien les ofreció contrato. Fue entonces cuando Pearlman los bautizó como Blue Öyster Cult (el dieresis fue añadido después por Lanier).

Su álbum debut se lanzó en enero de 1972. Con promoción de Meltzer y Pearlman, y un giro de suerte al sonar "Cities on Flame" en una emisora de Nueva York, tuvo buena acogida. La portada, de Bill Gawlick, incluyó el icónico logotipo "Kronos", basado en el símbolo astronómico de Saturno, que simbolizaba misterio y decadencia, convirtiéndose en emblema de la banda.

La gira constante reveló su falta de experiencia escénica. Aprendieron de bandas como Alice Cooper. El segundo álbum, Tyranny and Mutation (1973), fue más pesado, cumpliendo con la expectativa de Columbia de tener un "Black Sabbath estadounidense". En 1974, Secret Treaties recibió aclamación crítica y es considerado uno de los mejores discos de rock pesado de la década.
En 1975 lanzaron el doble álbum en vivo On Your Feet or On Your Knees, sin retoques, capturando la energía del grupo. Fue bien recibido y les permitió girar por Europa. Su siguiente álbum, Agents of Fortune (1976), marcó un cambio: más experimental, con producción avanzada. Incluyó el éxito "Don’t Fear The Reaper", escrita por Buck Dharma, que llegó al puesto 12 en Billboard. Fue su primer disco de oro y los catapultó a la fama nacional.
Para promocionar Agents, incorporaron un innovador espectáculo con láseres, uno de los primeros en hacerlo. Sin embargo, los altos costos, fallos técnicos y problemas con la OSHA (por riesgos oculares) hicieron que abandonaran la tecnología. El siguiente álbum, Spectres (1977), aunque exitoso, fue considerado "demasiado suave" por algunos fans, pese al éxito menor de "Godzilla". El en vivo Some Enchanted Evening (1978) fue platino y mostró su potencia escénica.
El álbum Mirrors (1979), producido por Tom Werman, fue un fracaso comercial y crítico: demasiado comercial, alejado de su esencia. Fue un punto bajo.

Con Martin Birch (productor de Black Sabbath), lanzaron Cultösaurus Erectus (1980), regresando a su estilo. Fue aclamado, especialmente en el Reino Unido (puesto 14). La gira "Black and Blue" con Black Sabbath fue filmada.

Fire of Unknown Origin (1981), también con Birch, incluyó "Burnin’ For You", que llegó al top 40. Durante la gira, Albert Bouchard fue despedido por problemas de conducta, siendo reemplazado por Rick Downey.

Sin Albert y con Buck preparando un disco solista, lanzaron Extra Terrestrial Live (1982), visto como una pausa. Buck lanzó Flat Out (1982), con poca promoción. En 1984, Revölution by Night tuvo éxito limitado. Tras la gira, Downey se fue. Albert regresó brevemente en 1985, pero el reencuentro fracasó. Lanier también abandonó temporalmente. Para Club Ninja (1986), contrataron a nuevos músicos, pero el uso de compositores externos afectó la calidad. Es uno de sus discos menos queridos. Joe Bouchard dejó la banda tras la gira alemana. Solo quedaban Bloom y Dharma. Contrataron a Jon Rogers, pero la banda casi se separó. Un concierto en Grecia los reunió, y Lanier regresó. En 1988, lanzaron Imaginos, proyecto de Albert bajo el nombre de BÖC, mal promocionado y poco exitoso. Columbia terminó su relación con la banda. Durante una década, solo giraron ("On Tour Forever"), con cambios en la batería (Riddle, Bürgi, Miceli, O’Reilly, Rondinelli) y bajo (Rogers, Smith, Miranda desde 1995). En 1998, tras firmar con CMC, lanzaron Heaven Forbid, bien recibido, con letras de John Shirley.
Entre 2004 y 2016, hubo más cambios: Rondinelli salió, fue reemplazado por Jules Radino; Miranda dejó para tocar con Queen + Paul Rodgers y fue sustituido por Richie Castellano, quien asumió múltiples roles. Lanier se retiró en 2007. En 2012, Rudy Sarzo (ex-Whitesnake) reemplazó a Castellano en bajo, y Kasim Sulton lo reemplazó a Sarzo. Ese año, celebraron el 40º aniversario con miembros originales como invitados.
Lanier falleció en 2013. En 2016, Albert Bouchard volvió como invitado para tocar Agents of Fortune íntegro.
En 2017, Miranda regresó. En 2020, tras 19 años, lanzaron The Symbol Remains, su primer álbum de estudio en mucho tiempo, bien recibido. En 2024, publicaron Ghost Stories, su 16º y último álbum, con versiones reimaginadas, canciones inéditas y covers.