Lauryn Hill y Pras se conocieron en la preparatoria Columbia, en Maplewood, Nueva Jersey. Pras, Lauryn y una amiga en común, Marcy Harriell, formaron un trío musical llamado Tyme; Wyclef Jean se unió al grupo y Marcy lo dejó poco después, en 1990. El apodo «Tranzlator Crew» hace referencia al nombre de su banda en ese entonces, que incluía a Johnny Wise en la batería, a Ti Bass (Jerry Duplessis) en el bajo y al DJ original Hard Hittin Harry (Harry D'Janite). DJ Leon (Leon Higgins) se unió al grupo en 1994 después de que Harry se retirara para dedicarse a una carrera como publicista. En 1993, tras algunos conciertos y la grabación de demos, el trío firmó con Ruffhouse, distribuido por Columbia Records. Los integrantes cambiaron entonces el nombre del grupo a Fugees, término tomado a propósito de una palabra que a menudo se usa de manera despectiva para referirse a los haitiano-estadounidenses (refugiados). «Refugee Camp», aunque a veces se le atribuye como nombre al trío, también hace referencia a varios artistas afiliados a los integrantes, y en particular a Jean.

El trío pronto cambió de rumbo musical y lanzó su primer LP de hip-hop, Blunted on Reality, bajo la dirección de Ronald Bell, productor de Kool and the Gang. El grupo compuso y grabó el álbum en 1992 en los estudios House of Music de West Orange, Nueva Jersey. Sin embargo, debido a una disputa con su discográfica, el álbum no se lanzó hasta el 1 de febrero de 1994. Los miembros de Fugees han declarado posteriormente que permitieron a los productores un control excesivo sobre el contenido y la forma del álbum. Aunque el álbum no contenía tantas letras con mensajes abiertamente políticos como las canciones de su siguiente y más conocido álbum, The Score, sí que tenía intenciones políticas. Aunque Blunted on Reality dio lugar a los tres sencillos «Boof Baf», «Vocab» y «Nappy Heads», les costó mucho llamar la atención del público general a pesar de recibir elogios por su calidad artística y su uso innovador de samples. El sencillo más exitoso del álbum fue una versión remezclada de la canción «Nappy Heads», producida por Salaam Remi. La remezcla alcanzó el puesto número 49 en el Billboard Hot 100.

Las cualidades musicales del primer disco de los Fugees se retomaron en su segundo álbum, The Score, que salió a la venta en febrero de 1996 y se convirtió en uno de los mayores éxitos de 1996 y en uno de los álbumes de hip-hop más vendidos de todos los tiempos. Los Fugees llamaron la atención por primera vez gracias a sus versiones de viejos éxitos, con las reinterpretaciones del grupo de «No Woman, No Cry» de Bob Marley & the Wailers y «Killing Me Softly with His Song» (grabada por primera vez por Lori Lieberman en 1971 y versionada por Roberta Flack en 1973), siendo esta última su mayor éxito.

El álbum también incluía una reinterpretación de «Ready or Not Here I Come (Can't Hide From Love)» de The Delfonics en su exitoso sencillo «Ready or Not», que incorporaba un sample destacado de «Boadicea» de Enya sin el permiso de la cantante. Esto dio lugar a una demanda que terminó en un acuerdo en el que se le otorgó a Enya el crédito y las regalías por su sample. Los miembros del grupo han agradecido y elogiado continuamente a Enya por su profunda comprensión de la situación, por ejemplo, en las notas del disco de The Score. Los Fugees ganaron dos premios Grammy en 1997 con The Score (Mejor álbum de rap) y «Killing Me Softly» (Mejor interpretación vocal de R&B por un dúo o grupo).

En 1997, los Fugees colaboraron en la canción «Hip-Hopera» de Bounty Killer, que permaneció cinco semanas en la lista Billboard Hot 100, alcanzando el puesto número 81. El grupo también grabó la canción «Rumble in the Jungle», con la participación de Busta Rhymes, A Tribe Called Quest y John Forté, para el documental de 1996 When We Were Kings. Produjeron remixes de «Blood on the Dance Floor» y «2 Bad» de Michael Jackson.

Más adelante ese mismo año, cada uno de los Fugees emprendió proyectos en solitario: Hill comenzó a componer y producir para varios artistas (entre ellos, Whitney Houston, Aretha Franklin y Mary J. Blige) y empezó a trabajar en su aclamado álbum The Miseducation of Lauryn Hill; Jean también comenzó a producir para varios artistas (entre ellos, Canibus, Destiny's Child y Carlos Santana) y lanzó su álbum debut, Wyclef Jean Presents The Carnival; Pras, junto con Mýa y Ol' Dirty Bastard, grabó el sencillo «Ghetto Supastar (That Is What You Are)» para la banda sonora de la película Bulworth. En 1998 se reunieron para grabar un video musical de la canción «Just Happy to Be Me», que apareció en el especial de Barrio Sésamo Elmopalooza, así como en el álbum de la banda sonora, ganador de un premio Grammy.

Los tres integrantes de Fugees se reunieron y se presentaron el 18 de septiembre de 2004 en el concierto celebrado en Bedford-Stuyvesant, Brooklyn, que aparece en la película Dave Chappelle's Block Party (2004), encabezando un cartel repleto de estrellas que incluía a Kanye West, Mos Def, Jill Scott, Erykah Badu, The Roots, Talib Kweli, Common, Big Daddy Kane, Dead Prez, Cody ChesnuTT y John Legend. Su actuación recibió varias críticas positivas, muchas de las cuales elogiaron la interpretación casi a capela de Hill de «Killing Me Softly».

Los Fugees hicieron su primera aparición televisiva en casi 10 años en los Premios de la Música de BET de 2005, el 28 de junio, abriendo el espectáculo con una presentación de 12 minutos. Con el anuncio de que estaban trabajando en un nuevo álbum, su última canción, «Take It Easy», se filtró en línea y finalmente se lanzó como sencillo digital el 27 de septiembre de 2005. Alcanzó el puesto número 40 en la lista de R&B de Billboard.

En noviembre de 2005, los Fugees se embarcaron en una gira europea —la primera que realizaban juntos desde 1997—, del 30 de noviembre al 20 de diciembre, con presentaciones en Finlandia, Austria, Noruega, Alemania, Italia, Francia, el Reino Unido, Bélgica, Dinamarca, Suecia, Suiza y Eslovaquia. El grupo tenía programado tocar en el Hammersmith Apollo el 25 de noviembre de 2005; sin embargo, se vio obligado a posponer el concierto hasta diciembre debido a problemas de producción. La gira recibió críticas mixtas. El 6 de febrero de 2006, el grupo se reunió para un show gratuito en Hollywood, en el que las estaciones de radio locales regalaron entradas a unos 8,000 fans. Más tarde ese mismo mes, se filtró una nueva canción llamada «Foxy», una canción que varios blogs de música en línea calificaron como el «verdadero regreso de los Fugees».

Sin embargo, tras la gira de reunión, el álbum que se decía que estaba en proceso no se concretó y se pospuso indefinidamente, ya que, al parecer, las relaciones entre los miembros de la banda se deterioraron. Durante la grabación del álbum, el grupo se vio afectado por diferencias creativas. Grabaron una canción titulada «Lips Don't Lie», pero a Hill no le gustó la canción y, tras algunos desacuerdos al respecto, el grupo se disolvió nuevamente. La canción fue finalmente entregada a la cantante Shakira, con la colaboración vocal de Jean, y, después de que el título se cambiara a «Hips Don't Lie», la canción se lanzó como sencillo y se convirtió en un éxito mundial. El 15 de julio de 2017, se filtró una vieja canción de los Fugees en la radio Hot 97; esto dio lugar a informes de que el grupo se estaba reuniendo, lo cual fue desmentido posteriormente por los miembros del grupo en Twitter.

Tras la separación del grupo, Wyclef Jean cofundó y dirigió la Fundación Yele Haití, una organización sin fines de lucro «dedicada a la ayuda de emergencia, el empleo, el desarrollo y la educación de los jóvenes, así como a la plantación de árboles y la agricultura» en Haití. Pras protagonizó un documental sobre las personas sin hogar en Los Ángeles y siguió expresándose abiertamente sobre la política haitiana. Lauryn Hill continuó grabando e interpretando música con conciencia social y pasó a defender el empoderamiento de las mujeres, especialmente dentro de la industria musical. Los Fugees también convirtieron su estudio de grabación, el Booga Basement, en una casa de transición para jóvenes refugiados haitianos que emigraban a Estados Unidos.

En septiembre de 2021, los Fugees anunciaron una gira de reunión para celebrar los 25 años de su álbum, The Score. El viernes 29 de octubre de 2021, los Fugees anunciaron que las fechas de su gira de reunión se posponían hasta principios de 2022. Sin embargo, el 21 de enero de 2022, los Fugees emitieron un comunicado en el que indicaban que no realizarían la gira debido a la pandemia de COVID-19. La gira se reprogramó y se fijó su inicio para agosto de 2024, pero se canceló discretamente tres días antes del primer concierto, sin que se diera ninguna razón a los clientes a quienes se les reembolsó el dinero. La etapa de la gira en el Reino Unido sí se llevó a cabo según lo planeado. El 20 de noviembre de 2025, el miembro Pras fue condenado a 14 años de prisión tras ser declarado culpable de 10 cargos penales relacionados con su participación en el escándalo de Malaysia Development Berhad en el Tribunal de Distrito de los Estados Unidos para el Distrito de Columbia. El 1 de febrero de 2026, Hill y Jean se reunieron para rendir un tributo a D'Angelo y Roberta Flack en la 68ª edición de los Premios Grammy. El 4 de septiembre de 2026, Hill y Jean hicieron una aparición especial durante el concierto JAY-Z30 de JAY-Z en Londres.