Los Flying Burrito Brothers ayudaron a forjar el vínculo entre el rock y el country, y con su álbum debut de 1969, The Gilded Palace of Sin, prácticamente inventaron el modelo del country-rock. Aunque los días de gloria de la banda fueron breves, dejaron tras de sí una pequeña obra que resultó sumamente influyente tanto en el rock como en el country. Los Flying Burrito Brothers se reunieron más tarde en los años 70, aunque sin sus miembros fundadores, Gram Parsons y Chris Hillman, y continuaron presentando shows y grabando en diversas formaciones hasta los años 80.

Originalmente, los Flying Burrito Brothers eran un grupo de músicos de Los Ángeles que se reunían para tocar juntos. Gram Parsons y Chris Hillman adoptaron el nombre de la banda cuando estaban formando su propio grupo tras dejar a los Byrds. Parsons había ayudado a orientar a los Byrds hacia un estilo country durante su breve paso por la banda, como se refleja en el álbum de 1968 Sweetheart of the Rodeo. Tras el lanzamiento de Sweetheart, abandonó los Byrds, seguido poco después por Hillman. El dúo incorporó al guitarrista de pedal steel «Sneaky» Pete Kleinow y al bajista Chris Ethridge a la banda y se dispuso a grabar su álbum debut con diversos bateristas de sesión.

The Gilded Palace of Sin, el álbum debut de los Flying Burrito Brothers, salió a la venta en la primavera de 1969. Aunque el álbum solo vendió 40 000 copias, la banda se ganó un público fiel, entre el que se encontraban muchos músicos destacados de Los Ángeles, Bob Dylan y los Rolling Stones. Por esa época, Parsons y el guitarrista de los Stones, Keith Richards, se hicieron buenos amigos, lo que llevó a Parsons a perder interés en los Burritos. Antes de que la banda grabara su segundo álbum, Ethridge dejó el grupo y fue reemplazado por Bernie Leadon, y el grupo contrató al exmiembro de The Byrds, Michael Clarke, como su baterista permanente.

Burrito Deluxe, el segundo álbum del grupo, salió a la venta en la primavera de 1970. Tras su lanzamiento, Gram Parsons abandonó el grupo y fue reemplazado por Rick Roberts, un compositor local de California. El primer álbum de Roberts con la banda, The Flying Burrito Brothers, se publicó en 1971. Tras su lanzamiento, Kleinow dejó la banda para convertirse en músico de sesión y Leadon se marchó para unirse a los Eagles. Los Burritos contrataron al guitarrista de pedal steel Al Perkins y al bajista Roger Bush para reemplazarlos, además de incorporar al guitarrista Kenny Wertz y al violinista Byron Berline a la formación. Esta nueva versión del grupo grabó el álbum en vivo The Last of the Red Hot Burritos, que se lanzó en 1972. Antes de su lanzamiento, la banda se desintegró. Berline, Bush y Wertz se fueron para formar Country Gazette, mientras que Hillman y Perkins se unieron a Manassas. Roberts formó una nueva banda para realizar una gira por Europa en 1973 y luego disolvió el grupo, optando por seguir una carrera solista. Más tarde, Roberts formaría Firefall junto a Michael Clarke.

Close Up the Honky Tonks, una recopilación de dos discos de los Flying Burrito Brothers, salió a la venta en 1974 debido al creciente interés por Gram Parsons. Aprovechando el éxito de la recopilación y el culto que se estaba formando en torno a Parsons, Kleinow y Ethridge formaron una nueva versión de los Flying Burrito Brothers en 1975. El dúo reclutó a Floyd «Gib» Gilbeau (voz, guitarra, violín), al bajista Joel Scott Hill y al baterista Gene Parsons, y grabó Flying Again, que salió a la venta con Columbia Records en 1975.

Ethridge dejó la banda tras el lanzamiento de Flying Again; fue reemplazado por Skip Battin, quien participó en el álbum de 1976 Airborne. También en 1976, se lanzó en A&M Records una recopilación de tomas descartadas de la época de Gram Parsons titulada Sleepless Nights.

Durante las dos décadas siguientes a su reunión de 1975, los Flying Burrito Brothers tocaron y grabaron de manera esporádica, sufriendo cambios ocasionales en su formación. En 1979, el grupo lanzó Live From Tokyo con Regency Records; el álbum dio lugar a su primer éxito country, una versión de «White Line Fever» de Merle Haggard, que entró en las listas en 1980. También en 1980, el grupo acortó su nombre a los Burrito Brothers al firmar un contrato con Curb Records.

El álbum Hearts on the Line de los Burrito Brothers generó tres éxitos menores en las listas de música country en 1981. Sunset Sundown, el segundo álbum de los Brothers con Curb, salió a la venta en 1982 y, al igual que su predecesor, produjo tres éxitos menores. Tras el lanzamiento de Sunset Sundown, Kleinow dejó la banda para convertirse en animador y creador de efectos especiales en Hollywood. El grupo continuó sin él, liderado por Gib Gilbeau y John Beland. Esa formación de la banda se disolvió en 1985, el mismo año en que Kleinow formó otra versión más de la banda. Durante los siguientes tres años, esta formación de los Flying Burrito Brothers realizó giras por Estados Unidos y Europa. En 1988, el grupo se separó nuevamente, aunque se reunió ocasionalmente para realizar más giras y grabaciones en los años 90, incluido Sons of the Golden West de 1999.

En 2010, el dueño de un sello discográfico inglés, Del Taylor, intentó reactivar la banda con cualquier miembro anterior que pudiera encontrar. Bernie Leadon, Chris Ethridge, Al Perkins y Gene Parsons aceptaron con la condición de que Chris Hillman se uniera. Hillman no estaba interesado en el proyecto y, en cambio, tomó medidas para adquirir los derechos del nombre «The Flying Burrito Brothers» con el fin de poder dar por terminada la banda.

En 2011 surgió una nueva formación que incluía a Walter Egan y Rick Lonow (procedentes de lo que quedaba de Burrito Deluxe), junto con Fred y Chris P. James. Esta formación realizó una gira bajo el nombre de «The Burritos» y lanzó el álbum Sound As Ever (SPV Records). El álbum incluía una canción inacabada de Gram Parsons que se convertiría en un sello distintivo de los álbumes de la era de Chris James. Después de que se retiraran los últimos miembros de Burrito Deluxe, y sin objeciones por parte de Hillman (siempre y cuando no se utilizara la palabra «flying»), la banda registró la marca y volvió a llamarse «The Burrito Brothers», y continuó de gira y grabando. [13]

En 2018, The Burrito Brothers completaron el álbum «Still Going Strong». Realizaron algunas presentaciones esporádicas, pasando la mayor parte del año grabando el álbum en Junction Studio, en Madison, Tennessee. Formación: James, Paoletta, Hatter, John Sturdivant Jr., Larry Marrs y Coley Hinson.

Para conmemorar el 50º aniversario de «The Gilded Palace of Sin», The Burrito Brothers encabezan el 12º tributo anual de Will James a Gram Parsons en Nashville, interpretando el clásico LP en su totalidad, algo que ninguna otra formación de la banda había hecho jamás. Entre los invitados se encuentran: Ronnie Guilbeau, Walter Egan, Michael Curtis, Noah Bellamy, Larry Patton y Pamela Des Barres. La banda compone, graba demos y registra material para su próximo álbum. Lo terminan antes de que termine el año. Su representante en Inglaterra, Bob Boiling, les consigue un contrato mundial con SFM Records.

En 2023, James, Paoletta, Young y Allen forman The Burrito Brothers. El álbum «Together» sale a la venta con SFM Records (en Inglaterra y en todo el mundo), seguido en octubre por «Christmas», el primer álbum navideño de la banda.