Lo que comenzó como un proyecto paralelo acústico de Jefferson Airplane, Hot Tuna acabó convirtiéndose en el proyecto principal a tiempo completo de los miembros fundadores Jack Casady y Jorma Kaukonen, y se erigió como una popular banda de gira de la década de 1970. Ambos eran amigos de toda la vida, habían crecido juntos en Washington, D.C., y habían tocado en el grupo The Triumphs. Después de la preparatoria, el guitarrista Kaukonen y sus padres, que trabajaban para el gobierno, se mudaron a Filipinas, pero él regresó a Estados Unidos a tiempo para el advenimiento de la psicodelia, aterrizando en San Francisco y cofundando a los Airplane en 1965. El bajista Casady se unió poco después, y juntos ayudaron a llevar al grupo a un éxito enorme a finales de los años 60.

Hot Tuna —originalmente llamado Hot Sht, para gran disgusto de su discográfica, RCA— comenzó a tomar forma en 1969, mientras tanto Casady como Kaukonen aún eran miembros activos de Jefferson Airplane; de hecho, sus primeras presentaciones se intercalaron entre los conciertos habituales de Airplane. Como trío completado por el armonicista Will Scarlet (y que en ocasiones incluía a los miembros de Airplane Marty Balin y Spencer Dryden), Hot Tuna debutó en 1970 con un discreto LP homónimo de blues tradicional y ragtime grabado en vivo en el New Orleans House de Berkeley; para el año siguiente, con First Pull Up, Then Pull Down, de inspiración más rockera, su formación incluía al violinista Papa John Creach —quien al mismo tiempo era miembro de tiempo completo de Jefferson Airplane— y al baterista Sammy Piazza. Sin Scarlet, en 1972 salió a la venta un tercer álbum, Burgers.

Para cuando se publicó The Phosphorescent Rat en 1974, tanto Casady como Kaukonen ya habían abandonado oficialmente Jefferson Airplane; para entonces, Creach, quien había optado por permanecer en Airplane, ya no formaba parte del grupo. Con America’s Choice de 1975, Piazza también se había ido, reemplazado por el baterista Bob Steeler; Yellow Fever salió ese mismo año, seguido de Hoppkorv en 1976. El teclista Nick Buck se unió al grupo para Double Dose de 1978, pero Hot Tuna anunció posteriormente su disolución, cerrando la primera etapa de su carrera con Final Vinyl de 1979.

Tras la disolución del grupo, Kaukonen lanzó un LP solista, Jorma, y más tarde se unió a la banda de new wave Vital Parts; Casady también lideró su propio grupo de new wave, SVT. En 1984, ambos regresaron a sus raíces: Casady se unió a sus excompañeros de Airplane, Balin y Paul Kantner, en la KBC Band, mientras que Kaukonen volvió al folk y al blues acústicos de sus años de formación. Finalmente, Casady y Kaukonen tocaron en unos cuantos clubes bajo el nombre de Hot Tuna, y se reunieron de manera más permanente en 1986; para 1990, su formación incluía al cantante y multiinstrumentista Michael Falzarano, un veterano de muchos de los primeros shows de reunión.

Ese año, Hot Tuna lanzó Pair a Dice Found, su primera recopilación de material nuevo de estudio en más de una década; le siguieron una serie de álbumes en vivo, entre ellos Live at Sweetwater de 1992, Splashdown Two de 1997 y And Furthurmore... de 1999. En los años siguientes, Hot Tuna siguió dando varios conciertos al año en diversas formaciones. En 2006 se lanzó Keep on Truckin’, un disco recopilatorio de lo mejor de la época de RCA. El primer álbum de estudio del grupo en 20 años, Steady as She Goes, grabado en el estudio de Levon Helm en Woodstock, Nueva York, y producido por Larry Campbell, salió a la venta con Red House Records en 2011.