John Lee Hooker nació el 17 de agosto de 1917 en el condado de Coahoma, cerca de Clarksdale, Misisipi. Era uno de once hermanos. Sus padres eran aparceros; se crió trabajando en la granja de su padrastro, William Moore, y recordaba haber escuchado a Moore —un guitarrista popular en la zona— tocar en casa su blues, de origen en Shreveport, Luisiana. A Hooker le impresionaba más la música que escuchaba que la perspectiva de convertirse él mismo en aparcero.

A finales de la década de 1920, Hooker ya cantaba espirituales en iglesias locales y formaba parte de varios grupos informales de gospel. Su primer instrumento fue una guitarra casera de una sola cuerda, hecha con una cámara de bicicleta estirada sobre la puerta del granero. Al crecer, Hooker aprendió los rudimentos del blues con la guitarra de Moore, y para 1929 ya tocaba lo suficientemente bien como para colaborar a menudo con Moore en cenas campestres, fiestas de pescado frito y bailes locales de la zona.

A los 14 años, Hooker se escapó de casa y se fue a Memphis en busca de trabajo. De 1931 a 1933, trabajó como acomodador en un cine de la calle Beale y, en su tiempo libre, asistía a fiestas en casas particulares, donde en diferentes ocasiones escuchó a Robert Nighthawk, Eddie Love, Joe Willard y otros.

Aunque Hooker dijo que el estilo de blues que aprendió refleja esta influencia temprana y las enseñanzas de Moore, su música también es característica de la región del Delta del Misisipi, donde vivió. Hooker dijo: «Nadie puede enseñarte, pero lo observaba día y noche y tocaba como él».

Después de dos años en Memphis, Hooker se mudó a Cincinnati para quedarse con familiares, y fue contratado por una empresa de desagüe de fosas sépticas y por otro teatro. Permaneció en Cincinnati hasta la década de 1940 y continuó evolucionando como músico, actuando en ocasiones con grupos de gospel, como The Big Six, The Delta Big Four y los Fairfield Four. En 1943, se mudó a Detroit y consiguió trabajo como conserje en una acería. Tocar música seguía siendo un pasatiempo para Hooker; los fines de semana tocaba en fiestas en casas y, a veces, «se unía» a las bandas en alguno de los clubes de la calle Hastings, en el distrito comercial central de la comunidad negra de Detroit.

A finales de la década de 1940, Hooker formó su propio grupo y se presentó en varios clubes del área de Detroit. Después de cinco años en Detroit, comenzó a considerarse un músico profesional. Según se dice, el legendario T-Bone Walker le regaló una guitarra eléctrica. Hooker recordaba: «Tenías que tocar con guitarra eléctrica en esos clubes, porque eran muy ruidosos. ¡Pero los sonidos que podías producir! Me encantaba la electricidad. Apenas tienes que tocar la guitarra y el sonido sale tan sedoso. El sonido eléctrico es tan hermoso. Me sentí atraído por él».

Después de escuchar a Hooker en una fiesta en una casa en 1948, el dueño de una tienda de discos, quien era afroamericano, lo llevó a conocer a Bernie Bessman, un distribuidor local de discos. Bessman quedó impresionado por el talento de Hooker y lo ayudó a lanzar su primer disco, un tema de ritmo rápido llamado «Boogie Chillen», que rápidamente se convirtió en un gran éxito. Hooker pudo dejar su trabajo en la fábrica y dedicarse por completo a su música. Entre 1949 y 1951, volvió a entrar en las listas de rhythm and blues con «Hobo Blues», «Crawling Kingsnake Blues» e «I’m in the Mood». Durante esos primeros años, Hooker siguió grabando con solo su guitarra eléctrica como acompañamiento.

Para 1951, Hooker comenzó a realizar giras en lugares fuera de Detroit, y un año después se fue de gira con la banda de Muddy Waters. Poco a poco, fue incorporando instrumentos para formar su propia banda y, en ocasiones, enriqueció su sonido con armónica, piano, una segunda guitarra y batería. En la década de 1950, grabó para un nuevo sello discográfico de Chicago, VeeJay, y comenzó a trabajar con bandas más grandes.

Con el paso de los años, Hooker adaptó su estilo musical a los tiempos cambiantes, tocando blues folclórico y luego pasando a contar con grupos de acompañamiento orientados al rock. A lo largo de las décadas de 1960 y 1970 tocó en cafés y participó en el circuito de festivales folclóricos y universidades. En 1964 grabó la banda sonora de un comercial de televisión del Comité Nacional Demócrata.

Aunque Hooker se estaba ganando un gran número de seguidores en Estados Unidos, el blues estaba recibiendo cada vez más atención en Europa. Bandas como los Rolling Stones y los Bluesbreakers, y artistas como David Bowie, Eric Clapton y Van Morrison descubrieron su música. «Las bandas inglesas fueron las que realmente hicieron grande al blues», dijo Hooker. «El éxito de las bandas inglesas ayudó a presentar el blues estadounidense al público blanco en Estados Unidos».

Después de que su esposa se divorciara de él en la década de 1970, Hooker se mudó al área de la Bahía de San Francisco. En 1989, Hooker ganó una audiencia más amplia al lanzar The Healer, un álbum en el que colaboraron varios músicos que lo consideran una influencia fundamental en sus carreras: Bonnie Raitt, Carlos Santana, Robert Cray, Los Lobos, George Thorogood, Canned Heat y Charlie Musselwhite. El 21 de junio de 2001, Hooker falleció mientras dormía en su casa de Los Altos.