Antes de la formación de Breaking Benjamin, Benjamin Burnley se desempeñaba como solista. El nombre de la banda surgió de un incidente en un club nocturno donde Burnley, tras interpretar covers de Nirvana, rompió accidentalmente un micrófono al finalizar una canción; el propietario del equipo expresó sarcásticamente: «Quiero dar gracias a Benjamin por romper mi maldito micrófono». En 1998, Burnley y el guitarrista Aaron Fink iniciaron la agrupación junto a Nick Hoover y Chris Lightcap. Posteriormente, Burnley buscó nuevas oportunidades en California, pero regresó a Pensilvania para formar Plan 9 con el baterista Jeremy Hummel y el bajista Jason Davoli. Durante un concierto abriendo para la banda Lifer, Burnley anunció al público: «Gracias, somos Breaking Benjamin», recuperando así el nombre original. Tras este cambio, Fink retornó y Mark Klepaski reemplazó a Davoli en el bajo.

El logotipo distintivo de la banda, una variación del nudo celtoide, fue sugerido por un fan que lo halló en un libro de tatuajes. Este símbolo está tatuado en los miembros originales: en la muñeca izquierda de Burnley, Fink y Klepaski, y en la derecha de Chad Szeliga. La agrupación ganó notoriedad cuando el DJ local Freddie Fabbri transmitió Polyamorous y financió la grabación de un EP homónimo en 2001, cuyas 2000 copias se agotaron rápidamente. Este éxito llevó a la banda a firmar con Hollywood Records a principios de 2002 y a grabar su álbum debut, Saturate, lanzado el 27 de agosto de ese año. Producido por Wild Ulrich, el disco alcanzó el puesto #2 en Billboard Top Heatseekers y el #136 en el Billboard 200.

El primer sencillo, Polyamorous, tuvo buena recepción radial y contó con múltiples versiones de video musical, incluyendo escenas de los videojuegos Run Like Hell y Jak and Daxter. La canción también apareció en títulos de WWE como SmackDown! vs. Raw y Day of Reckoning. El segundo sencillo, Skin, logró posiciones moderadas en las listas de rock, mientras que Medicate fue seleccionado como tercer sencillo en 2003. Aunque la crítica consideró al álbum algo repetitivo, reconoció su naturaleza adictiva y le otorgó una calificación de 2,5/5. Otras pistas como Wish I May formaron parte de la banda sonora de la película Wrong Turn.

En octubre de 2003, la banda comenzó a grabar su segundo álbum, We Are Not Alone, lanzado el 29 de junio de 2004 bajo la producción de David Bendeth, quien produciría todos sus trabajos futuros. El disco alcanzó el puesto #20 en el Billboard 200 y consolidó el éxito comercial del grupo. Fue certificado oro en octubre de 2004 y platino en junio de 2005, lo que motivó una edición especial que incluyó la versión 2005 de Rain. Canciones como Firefly continuaron la tradición de incluirse en videojuegos de WWE. Durante esta etapa, Breaking Benjamin realizó numerosas apariciones en programas de televisión estadounidenses como Jimmy Kimmel Live, Late Night with Conan O'Brien y The Tonight Show with Jay Leno, afianzando su presencia en los medios y en la escena del rock alternativo de la época.

En 2004, el primer sencillo de Breaking Benjamin, So Cold, alcanzó el puesto #3 en la lista Modern Rock y el #2 en Mainstream Rock, manteniéndose 37 semanas en el top 20 y 62 en total. Se realizaron dos videos musicales para esta canción, uno de ellos como promoción de la película Hellboy, y también apareció como pista descargable en los videojuegos Rock Band, Rock Band 2 y Jak II. Al año siguiente, Sooner or Later llegó al #7 en Modern Rock y al #2 en Mainstream Rock; se le hizo un video musical debido a su buena recepción radial y fue interpretada en The Tonight Show with Jay Leno, además de ser incluida en Guitar Hero 5. La edición sencillo de 2005 de Rain, una nueva versión con toda la banda que reemplazó a la original en ediciones posteriores, alcanzó el #39 en Modern Rock y el #23 en Mainstream Rock. Las canciones Rain, Forget It y Follow fueron coescritas por Billy Corgan de The Smashing Pumpkins, quien trabajó seis días en diciembre con Ben Burnley para componerlas. Por otro lado, Blow Me Away fue escrita originalmente para el juego Halo 2, lanzado en noviembre de 2004, e incluida en su banda sonora y en el EP So Cold.

Durante agosto y septiembre de 2004, Jeremy Hummel no pudo tocar con la banda por el nacimiento de su hijo, siendo reemplazado temporalmente por Kevin Soffera, quien participó en grabaciones para The Conan O'Brien Show, The Carson Daly Show y el EP So Cold. Tras su regreso en septiembre, Hummel fue despedido y posteriormente demandó a los miembros restantes el 28 de septiembre de 2005, alegando falta de pago por canciones coescritas y solicitando más de $8 millones en daños. La demanda se resolvió por un monto no revelado. Después de Soffera, Ben "BC" Vaught fue baterista hasta principios de 2005, cuando Chad Szeliga se unió a la banda.

Breaking Benjamin lanzó Phobia el 8 de agosto de 2006, con el sencillo The Diary of Jane, que llegó al #4 en Modern Rock. El 11 de febrero de 2007, HDNet transmitió un concierto de una hora desde Stabler Arena en Bethlehem, Pensilvania, incluido luego en el relanzamiento del DVD de Phobia en abril de 2007 bajo el título The Homecoming. La banda obtuvo su primer #1 en Mainstream Rock con Breath, cuyo video musical utilizó imágenes del concierto en Stabler Arena. Co-encabezaron una gira por EE. UU. con Three Days Grace, Red y Puddle of Mudd como teloneros. El álbum reeditado reingresó al Billboard 100 en el puesto #38 el 5 de mayo de 2007, y Breath fue interpretada en The Tonight Show con Jay Leno y The Late Late Show con Craig Ferguson. En otoño de 2007 recorrieron 36 ciudades con Three Days Grace, Seether, Skillet y Red. El 23 de octubre lanzaron todos sus videos en iTunes bajo la serie Pesadillas, y Phobia fue certificado disco de platino el 21 de mayo de 2009.

David Bendeth produjo Dear Agony, cuarto álbum de estudio, en el que Jasen Rauch de Red coescribió cuatro canciones: I Will Not Bow, Hopeless, Lights Out y Without You. El primer sencillo, I Will Not Bow, se estrenó el 11 de agosto de 2009 en la radio WBSX de Wilkes-Barre y en MySpace, llegando rápidamente al Top Ten de ventas en iTunes. El video musical se estrenó en MySpace el 21 de agosto. Dear Agony se lanzó oficialmente el 28 de septiembre en Australia y al día siguiente en Estados Unidos, convirtiéndose en un álbum muy vendido. Algunas versiones incluyen un DVD con seis videos musicales, entre ellos una versión alternativa de I Will Not Bow sin escenas de la película Los sustitutos. Finalmente, la banda co-encabezó una gira por EE. UU. en enero y febrero de 2010 junto a Three Days Grace y Flyleaf.

El 5 de enero de 2010, Breaking Benjamin lanzó el sencillo Give Me a Sign, cuyo video musical se publicó en MySpace el 10 de marzo, coincidiendo con el cumpleaños de Benjamin Burnley. Ese mismo mes, el álbum Dear Agony fue certificado disco de oro. El 15 de junio se liberó el tercer sencillo, Lights Out. Durante ese verano, Burnley ofreció dos conciertos acústicos junto a Aaron Bruch, marcando la primera interpretación en vivo de Forget It y Follow, canciones que también versionaron temas de artistas como Tool, Queen y Alice in Chains. Posteriormente, la banda anunció una pausa indefinida debido a las enfermedades recurrentes de Burnley; los miembros Aaron Fink, Mark Klepaski y Chad Szeliga regresaron a sus respectivos proyectos paralelos.

En 2011, se lanzó una versión remezclada de Blow Me Away con Valora, acompañada de un video animado en agosto. El 16 de agosto se publicó el compilatorio Shallow Bay: The Best Of Breaking Benjamin en edición estándar y de lujo. Burnley se opuso públicamente a este lanzamiento, alegando que el contenido fue alterado sin su consentimiento. En mayo de ese año, despidió a Fink y Klepaski, iniciando una disputa legal por decisiones no autorizadas sobre la remezcla y el nombre de la banda. Burnley solicitó $250,000 y los derechos exclusivos del nombre, afirmando que reviviría al grupo tras resolver la demanda. En abril de 2013, Burnley ganó los derechos legales del nombre, aunque poco después Chad Szeliga anunció su salida por diferencias personales.

La banda se reformó oficialmente el 19 de agosto de 2014 como un quinteto liderado por Burnley e integrado por Jasen Rauch, Keith Wallen, Aaron Bruch y Shaun Foist. Tras subir fotos de estudio y agotar dos shows en Pensilvania en septiembre, anunciaron la gira acústica Unplugged tour 2014 y confirmaron la composición de nuevo material. El 23 de marzo de 2015 lanzaron el sencillo Failure, seguido por el álbum Dark Before Dawn el 23 de junio. Este disco debutó en el número 1 del Billboard 200 con 141,000 unidades vendidas en su primera semana, convirtiéndose en su mayor éxito comercial hasta la fecha.

Posteriormente, Burnley reveló que el siguiente álbum se titularía Ember, nombre que reemplazó a la idea original Ass-End por desacuerdo con la discográfica. El 5 de enero de 2018 lanzaron el sencillo Red Cold River, con su video musical estrenado días después. El 28 de octubre de 2019 anunciaron el álbum acústico Aurora, lanzado el 24 de enero de 2020. En agosto de 2022, colaboraron con Starset en la canción Waiting on the Sky to Change. Para 2023, tanto Jasen Rauch como Keith Wallen confirmaron que la banda llevaba más de un año escribiendo nuevo material y que el lanzamiento podría darse pronto. Entre julio y septiembre de 2023, realizaron una gira norteamericana apoyando a Disturbed junto a Theory of a Deadman y Jinjer.

El 15 de octubre de 2024, Breaking Benjamin firmó con BMG como su nuevo sello discográfico. Al día siguiente lanzaron Awaken, primer sencillo de su séptimo álbum de estudio. El 3 de diciembre anunciaron la gira Awaken The Fallen Tour para la primavera de 2025, acompañados por Staind, Wage War y Lakeview, abarcando 20 ciudades estadounidenses entre abril y junio. Sin embargo, el 28 de agosto de 2025, el baterista Shaun Foist anunció que padecía Tiroiditis crónica (Enfermedad de Hashimoto) y decidió dejar las giras para sanar. Ese mismo día, James Cassells de Asking Alexandria fue presentado como el nuevo baterista para las futuras presentaciones. Finalmente, el 9 de diciembre de 2025, Foist confirmó su salida definitiva de la banda a través de Facebook, cerrando así una etapa importante en la historia reciente del grupo mientras continuaban su trayectoria con nueva alineación y material inédito en camino.