The Breeders surgió de una mezcla explosiva de melodías contagiosas y giros impredecibles que ayudaron a definir la revolución del rock alternativo de principios de la década de 1990, para luego trazar un rumbo firmemente independiente en las décadas siguientes. Kim Deal, bajista de Pixies, y Tanya Donelly, guitarrista de Throwing Muses, lanzaron el proyecto para dar rienda suelta a los impulsos creativos que sus bandas principales habían dejado sin realizar, permitiendo que las energías fluctuantes y los instintos pop idiosincrásicos de esos grupos salieran a la luz en el primer álbum completo de The Breeders, Pod, publicado en 1990. Sin embargo, el álbum Last Splash de 1993, que obtuvo la certificación de platino, y su sencillo revelación «Cannonball» llevaron el sonido juguetón y provocativo de la banda a un público mucho más amplio al entretejer elementos de country, surf y reggae. Los discos posteriores, como Mountain Battles de 2008, apostaron por una paleta más sencilla, aunque conservaron el mismo carácter inquieto. Cuando la formación original de Last Splash se reunió de nuevo para All Nerve (2018), un álbum que equilibraba la dureza con la apertura emocional, la influencia perdurable del grupo se podía rastrear en la música de Courtney Barnett, Speedy Ortiz y Lucy Dacus.

Deal y Donelly se hicieron amigos durante la gira europea de 1988 que compartieron sus respectivas bandas y se comprometieron a colaborar musicalmente. Inicialmente inspirados por el ejemplo de The Sugarcubes, experimentaron con su propia versión del dance-pop, grabando una interpretación de «Tell Me Something Good» de Rufus y Chaka Khan, además de «Rise», compuesta por Donelly. En 1989, al trabajar con Carrie Bradley —violinista y vocalista de Ed's Redeeming Qualities— y el bajista Ray Holiday, Deal pasó a tocar la guitarra porque le resultaba más sencillo tocarla mientras cantaba, y el cuarteto grabó una serie de demos con influencias country.

Impresionado por el material, 4AD —el sello discográfico de tanto Pixies como Throwing Muses— aprobó un álbum para la nueva banda, a la que llamaron The Breeders, en referencia a un término de la jerga LGBT para referirse a los heterosexuales; Deal ya había utilizado ese mismo nombre para un proyecto musical que había tenido en su adolescencia junto a su hermana gemela, Kelley. La formación se completó con Josephine Wiggs, de Perfect Disaster, en el bajo y, cuando Kelley no pudo conseguir suficiente tiempo libre en su trabajo para encargarse de la batería, con Britt Walford, de Slint, quien adoptó el seudónimo de Shannon Doughton. The Breeders grabaron Pod en el estudio Palladium de Edimburgo en enero de 1990, mientras los compañeros de Deal en los Pixies comenzaban a trabajar en Bossanova en Los Ángeles; ella se unió a ellos al mes siguiente. Con ingeniería de sonido a cargo de Steve Albini, quien ya había colaborado en Surfer Rosa, el álbum salió a la venta en mayo de 1990, alcanzó el puesto 22 en la lista de álbumes del Reino Unido y recibió elogios de la crítica y de Kurt Cobain, de Nirvana, por su sonido amplio y dinámico y su composición poco convencional.

Aunque Deal y Donelly esbozaron material para un segundo álbum de The Breeders tras el lanzamiento de Pod, Donelly abandonó el grupo en 1991 para formar Belly. Walford se retiró por esas mismas fechas, aunque ambos contribuyeron al siguiente trabajo de la banda, el EP Safari, enérgico a la par que melódico, de abril de 1992. Ese EP presentó a Kelley Deal como segunda guitarrista y sigue siendo el único lanzamiento en el que aparecen tanto ella como Donelly. Más adelante en 1992, el grupo reclutó al baterista Jim MacPherson y realizó sus primeras presentaciones importantes en vivo, como banda de apoyo de Nirvana en la etapa europea de la gira de In Utero.

Mientras The Breeders comenzaban a trabajar en su segundo álbum a principios de 1993, los Pixies se disolvieron, lo que le permitió a Kim Deal dedicarse por completo al proyecto. Producido por Deal y coproducido por Mark Freegard, Last Splash, lanzado en agosto de ese año, pulió el sonido de la banda con un brillo pop, pero conservó toques de reggae, grunge, country, surf y experimentación ruidosa. Impulsado por la canción «Cannonball», de estilo collage, que alcanzó el segundo lugar en la lista Alternative Airplay y entró en las listas internacionales, el álbum catapultó al grupo al estrellato. Obtuvo la certificación de platino en Estados Unidos, plata en el Reino Unido y oro en Canadá, Australia y Francia, y generó otros dos sencillos que entraron en las listas: «Divine Hammer» y «Saints». The Breeders cerraron el año uniéndose a Nirvana en la gira de In Utero y contribuyendo con una versión en vivo de «Iris», de Pod, para el compilado benéfico contra el SIDA de la Red Hot Organization, No Alternative.

En 1994, la banda consiguió un lugar destacado en la gira Lollapalooza y lanzó el EP Head to Toe, producido por J Mascis, que incluía versiones de «Freed Pig» de Sebadoh y «Shocker in Gloomtown» de Guided by Voices, además de temas originales.

El éxito duró poco; The Breeders pronto entraron en una pausa abrupta provocada, en parte, por el agotamiento debido a la fama repentina y las giras incesantes. A finales de 1994, Kelley fue detenida por cargos de posesión de drogas e ingresó en una clínica de rehabilitación en Minnesota; el resto de los miembros se dispersaron durante su recuperación. Wiggs tocó con músicos de Nueva York y, finalmente, formó Josephine Wiggs Experience, mientras que Kim regresó a Dayton con MacPherson, aprendió a tocar la batería por su cuenta y siguió componiendo. A principios de 1995 ya había reunido suficientes canciones nuevas para un álbum. Aunque consideró grabarlas en solitario, Deal reunió en cambio una banda de acompañamiento formada por MacPherson y otros músicos de Dayton, entre ellos Nathan Farley y Luis Lerma, de los Tasties. Originalmente llamado Tammy & the Amps, el proyecto presentó una versión más cruda y de baja fidelidad del estilo de The Breeders; sus presentaciones y el álbum de 1995, Pacer, capturaron el encanto relajado y espontáneo del enfoque de Deal.

Lo que se pretendía como una breve pausa, el paréntesis de The Breeders se prolongó durante varios años. Más tarde, Wiggs formó Dusty Trails con Vivian Trimble, de Luscious Jackson, y coprodujo Klassics with a "K" de The Kostars, otro grupo derivado de Luscious Jackson. Tras completar su rehabilitación, Kelley lanzó su propio proyecto, Kelley Deal 6000, con el que realizó una gira y lanzó el álbum de 1996 Go to the Sugar Altar.

En 1996, Kim revivió el nombre de The Breeders para una serie de conciertos en California con miembros de Amps y Bradley. Al año siguiente, el grupo se presentó en el Concierto Benéfico en Memoria de Tim Taylor —en homenaje al cantante y teclista de Brainiac fallecido poco antes en un accidente automovilístico— con Tyler Trent, de esa banda, sustituyendo a MacPherson, quien posteriormente se unió a Guided by Voices. Más adelante, en 1997, Deal entró al estudio en uno de varios intentos infructuosos por completar un tercer álbum de The Breeders. A pesar del bajo perfil de la banda, un sample de «Cannonball» en el éxito mundial de The Prodigy, «Firestarter», le aseguró a Kim el crédito de composición y las regalías. A principios de 1998, Kelley se había reincorporado, y las hermanas retomaron la composición y la grabación, aportando una versión de «Collage» de The Three Degrees a la banda sonora de la adaptación cinematográfica de The Mod Squad.

En 1999, las hermanas Deal trabajaron en el estudio con Steve Albini; en 2000, The Breeders dieron su primer show en más de tres años —y el primero de Kim con Kelley en más de seis— en un concierto gratuito y secreto en Los Ángeles. Esta formación incluía al bajista Mando López y al guitarrista Richard Presley, ambos exmiembros de Fear, además del baterista José Medeles. El grupo regresó al estudio con Albini en 2001 y completó el material suficiente para un álbum. La actividad se aceleró en 2002 con los sencillos «Off You» y «Huffer», y el tan esperado tercer álbum, Title TK, en mayo. Un trabajo más crudo que Last Splash que ponía de relieve las armonías de las Deal, el disco alcanzó el puesto 51 en la lista de álbumes del Reino Unido y el 130 en el Billboard 200. Ese año, The Breeders aparecieron en un episodio de Buffy, la cazavampiros; en 2003 grabaron «Wicked Little Town: Hedwig Version» para el álbum tributo a Hedwig and the Angry Inch, Wig in a Box.

Durante 2004, Kim se unió a Pixies en sus giras de reunión por Norteamérica y Europa, mientras que Kelley viajó con ella para desarrollar canciones de The Breeders. La composición continuó hasta 2007, y la formación —que ahora incluía a las hermanas Deal, López y Medeles— grabó su siguiente álbum con varios ingenieros, entre ellos Albini. Lanzado en abril de 2008, Mountain Battles amplió el enfoque minimalista de Title TK, alcanzando el puesto número 46 en el Reino Unido y el número 12 en la lista de álbumes independientes de Estados Unidos. Mientras estaban de gira por el Reino Unido a finales de ese año, la banda grabó material adicional en los Fortress Studios de Londres, y luego continuó las sesiones en Electrical Audio, de Albini, y en el estudio del sótano de Kim. El EP resultante, Fate to Fatal, publicado en abril de 2009, incluía una versión de «Chances Are» de Bob Marley y la participación vocal de Mark Lanegan como invitado. Más adelante ese mismo año, The Breeders fueron las encargadas de organizar el festival All Tomorrow's Parties en Minehead, Inglaterra, y regresaron al festival el siguiente septiembre en Monticello, Nueva York. En 2013 celebraron el vigésimo aniversario de Last Splash con una reedición de lujo que incluía sencillos, caras B, demos y grabaciones en vivo; Kim y Kelley también se reunieron con Wiggs y MacPherson para una gira en la que interpretaron el álbum completo.

Animadas por la buena acogida de la gira, la banda comenzó a trabajar en su quinto álbum. Grabaron con su productor de toda la vida, Albini, en Electrical Audio, en Chicago; con Mike Montgomery, en el Candyland Recording Studio de Kentucky; y con Tom Rastikis, en los Fernwood Studios de Ohio. En octubre de 2017, el grupo lanzó su primer tema nuevo en ocho años con «Wait in the Car», el sencillo principal de All Nerve. El álbum, que contó con coros de Courtney Barnett, salió a la venta en marzo de 2018 —casi veinticinco años después de Last Splash— y alcanzó el puesto 79 en la lista Billboard 200, entró en el Top Ten del Reino Unido y figuró en las listas de toda Europa.

Al inicio de la década de 2020, The Breeders se dedicaron a proyectos individuales: Kim preparó un álbum solista, Kelley colaboró con R. Ring y Protomartyr, MacPherson tocó con la banda de surf The Mulchmen y Wiggs trabajó con el baterista Jon Mattock. En 2021, el grupo se reunió nuevamente para grabar una versión de «The Dirt Eaters», de His Name Is Alive, para el compilatorio de 4AD Bills and Aches and Blues. Dos años más tarde, The Breeders realizaron una gira para celebrar el trigésimo aniversario de Last Splash, presentándose en Coachella y en el Riot Fest, y como teloneros de Foo Fighters, Belly y Horsegirl. En septiembre de 2023 se lanzó una reedición remasterizada de Last Splash, basada en las cintas analógicas originales y que incluye dos temas inéditos de esas sesiones: «Go Man Go», coescrita por Black Francis de los Pixies, y «Divine Mascis», una versión de «Divine Hammer» con J Mascis en la voz principal.